2016年3月5日，在十二届全国人大四次会议开幕式上，国务院总理李克强作政府工作报告，宣布今年全面实施营改增，从5月1日起，将金融服务及保险业纳入营改增试点范围。截至2015年末，托管行业总规模已达90万亿元，近三年平均增速达到50%。预计2016年大资管行业规模有望达到120万亿元。由于托管费付费周期以按月、按季为主，从6月1日起，商业银行托管的产品都面临开具托管费发票、取得托管费发票等问题。增值税改革对商业银行托管业务管理和操作带来很大影响。
托管业务增值税应税范围的界定
根据《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》中列示的免征项目，目前对于托管产品存续过程中产生的收入除保险（自有）资金投资托管外，暂不纳入增值税计征范围。托管产品的费用和支出除印花税、金融同业资金往来、转贴现业务等规定的免税项目外，应纳入增值税计征范围，由交易对手方按照直接收费金融服务缴纳增值税。
银行在资管业务过程中收取的应税收入主要有托管费收入、受托费收入、账管费收入、外包费收入、汇划费收入、账户维护费收入、代收的中登过户费、开户费。对于上述应税收入可以开具增值税专用发票，其他的费用和支出根据法规、合同的规定，开具增值税普通发票或不开具发票。
商业银行对托管业务应税收入开具增值税发票主体的认定
托管银行所提供的托管服务主要是向委托人和管理人构建的托管产品提供清算、核算和监管等服务。由于目前金融业营改增法规未对托管产品的税务身份、托管人应当给产品还是委托人开具发票没有给出明确的规定。在增值税法规的不明确的前提下，托管人向委托人或者管理人开具增值税发票，尤其是专用发票给托管人产生的税务风险难以预测。不排除未来法规可能将产品本身作为纳税主体，则托管人应向产品开具发票，而不应再向委托人或管理人开具发票。一旦监管部门确定开票主体是产品，就会与此前已开立的发票行为冲突。因此，托管银行对托管业务应税收入开具增值税发票主体的认定应明确，是否可以暂不开具增值税专用发票，待政策明确后参照执行。如确需开具增值税发票，建议以产品名义开具增值税普通发票，如确需开具增值税专用发票，在充分考虑上述税务风险的前提下，是否可以对于合同中明确单一委托人的可以给委托人开具增值税专用发票；合同中没有明确单一委托人的，暂不开具增值税发票。
商业银行托管业务急需监管指导意见和同业交流
第一，托管业务是通过费率定价的，要明确合同费率是否为含税费率。
由于增值税实际税负比营业税的税率略高，托管人需要明确已签订的合同是否和客户谈判修改合同，增加费率，以实现增值税的转嫁；在此基础上，再在合同中与交易对手约定交易价格是否为含税价。
如托管人不将增值税及其附加税费转嫁给委托人或管理人，即合同总价款在营改增前后将保持不变，则合同在具体表述上应明确约定营改增前后与客户签订总价款保持不变，所签订价款为含税价。
第二，商业银行托管的QDII基金要向境外次托管行支付费用，境外次托管行取得的这部分收入是由境内主托管行（商业银行）代扣代缴营业税，营改增后增值税是否依然由商业银行代扣代缴、费率等未定。但是境内主托管行（商业银行）作为费用支出方，这部分增值税是进项税额可以抵扣销售税额，可以获得营改增的政策红利。
第三，增值税专用发票作为抵税依据非常重要，客户取得增值税专用发票可以理解为取得一项资产。按照国税局现有政策，增值税专用发票不一定在发生当月就要开，可以累积一段时间一起开，但是一旦开具，委托人需要在180天之内在国税局平台认证。所以增值税专用发票开立时点和交换方式很重要，根据市场情况，例如中登公司、各家商业银行，都不希望通过邮寄方式，因为一旦丢失补办手续很复杂。通常托管费的增值税专用发票是商业银行财务部门统一开具的，开票的频率在合同中约定好，便于统一管理。
第四，商业银行能够作为费用支出方，获得的增值税专用发票需关注采购系统的支出上，例如外购的信息服务系统合同由采购部门统一签订。如果供应商是小规模纳税人不可以抵扣增值税，采购价格是否重新议价需关注。
第五，由于在五一之后缴纳的托管费很可能是以前会计期间的费用。是按照权责发生制还是收付实现制来分，缴纳营业税还是增值税，能否开具发票都有政策风险。
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从银行托管看“营改增”
营业税是价内税，税率5%，商业银行取得的托管费收入给对方开具普通发票，委托人无法用来抵扣税款，合同默认为含税价，无需另作约定；增值税是价外税，目前商业银行增值税率暂定为6%，委托人可以用来抵扣税款，对委托人来讲这是一块资产，商业银行取得的托管费收入给对方开具增值税专用发票。无论商业银行是否给对方开具增值税专用发票（例如公募基金份额持有人不需要增值税专用发票），商业银行都要按托管费收入缴纳增值税。
从托管人角度看，营改增前后税率从5%提高到6%，仅对业务收入金额有直接影响，不一定导致整体业务的利润水平下降。从委托人的角度来看，可抵扣的增值税进项税同样会对利润变化起到重要的影响。例如托管费收入100元，交营业税5元，营改增后交增值税100/（1+6%）*6%=5.66元。同时由于托管业务需外购彭博、路透、大智慧、赢时胜等信息服务系统支出可以抵税抵扣税款，实际交增值税会小于5.66元。据毕马威测算商业银行的增值税实际税负为5.3%，比营业税的税率5%略高。